El siguiente párrafo de la disposición refleja los motivos del monarca:
“Porque somos informados que, como quiera que en estos nuestros Reinos hay insignes Universidades y Estudios y Colegios donde se enseñan y aprenden y estudian todas artes y facultades y ciencias, en las cuales hay personas muy doctas y suficientes en todas ciencias que leen y enseñan las dichas facultades, todavía muchos de los nuestros súbditos y naturales, frailes, clérigos y legos, salen y van a estudiar y aprender a otras Universidades fuera de estos Reinos, de que ha resultado que en las Universidades y Estudios de ellas no hay el concurso y frecuencia de estudiantes que habría, y que las dichas Universidades van de cada día en gran disminución y quiebra; y otrosí, los dichos nuestros súbditos que salen fuera de estos Reinos, allende el trabajo, costas y peligros, con la comunicación de los extranjeros y otras Naciones, se distraen y divierten, y viven en otros inconvenientes; y que ansimesmo la cantidad de dineros que por esta causa se sacan y se expenden fuera de estos Reinos es grande, de que al bien público de este Reino se sigue daño y perjuicio notable”
Estaríamos, en primer lugar, ante una suerte de mercantilismo aplicado a los estudiantes, es decir, de política económica para impedir la salida de numerario del país, a pesar del escaso, cuando no nulo interés de los Austrias en plantear una verdadera y completa política mercantilista de protección y fomento de la producción artesanal propia, por lo que no nos parece que fuese el principal motivo de la promulgación de esta Pragmática.
Más importante nos parece el segundo motivo, y que tiene que ver con la siguiente frase “con la comunicación de los extranjeros y otras Naciones, se distraen y divierten (los estudiantes)”. Parece evidente que Felipe II arbitró esta política para evitar el supuesto y peligroso contagio con las ideas luteranas y calvinistas que pudieran aprenderse en centros universitarios de estados no católicos o, siéndolos, tuvieran en su seno profesores con otras ideas y que profesasen estas otras confesiones cristianas.
En 1568 esta prohibición se hizo extensiva a los estudiantes de la Corona de Aragón.
Estas limitaciones y prohibiciones, junto con otra medidas relativas a los libros, han sido interpretadas como un punto de inflexión entre una primera mitad del siglo XVI, más abierta a las influencias intelectuales externas, como se puede observar con la difusión del erasmismo, con una segunda parte, y a partir de entonces, durante el siguiente siglo, de mayor cerrazón intelectual, con sus consecuencias para la Historia y no sólo en el ámbito estrictamente cultural y científico, ya que tuvo derivaciones en la sociedad y la economía españolas de largo alcance, a pesar de los futuros esfuerzos de los ilustrados en el siglo XVIII para intentar mitigar políticas y mentalidades tan contrarias al saber y el progreso.
Por otro lado, bien es cierto esta medida no fue la principal o con más influencia en la Historia de la política educativa y cultural de los Austrias y la Iglesia española de la Edad Moderna, ya que era la más fácil de eludir, habida cuenta de las dificultades que el poder tenía en los siglos XVI y XVII para controlar realmente a sus súbditos, especialmente fuera de sus fronteras, además de creer que no se puso mucho empeño en estos controles. Al parecer, se ha constatado que seguía habiendo estudiantes castellanos y aragoneses en el extranjero. También hay que decir que este tipo de medidas no fueron exclusivas de la Monarquía Hispánica, y se dieron en otros Estados. Así pues, se ha discutido mucho sobre las motivaciones y resultados de esta Pragmática. En principio, no parecía muy positiva para el desarrollo cultural español, pero también es conveniente matizar, sin ahondar en la leyenda negra.