El gobierno declaró el estado de guerra y utilizó el ejército para reprimir la manifestación. Esto desencadenó una insurrección popular que tomó un carácter militar, pero, sobre todo, anticlerical. A pesar de todo, la falta de coordinación contribuyó a terminar la revuelta que, ante la magnitud de sus consecuencias, muertos, heridos y quemas de edificios religiosos, se denominó Semana Trágica. Estos hechos desencadenaron una dura represión, que alcanzó al pedagogo anarquista Francesc Ferrer i Guàrdia, acusado sin pruebas en un proceso sin garantías jurídicas. Su ejecución provocó una oleada de protestas internacionales que afectaron al gobierno y a la Monarquía.
La crisis provocó la destitución de Maura, sustituido por el liberal Moret, aunque por poco tiempo, ya que Alfonso XIII llamó a José Canalejas, que intentó poner en marcha un vasto programa de reformas en diversos campos, en el último intento de regeneración del sistema político. Canalejas fue un personaje político de gran altura intelectual, miembro destacado de la izquierda del liberalismo español, aunque había comenzado en las filas del republicanismo. Además, fue el fundador del diario El Heraldo de Madrid. Canalejas pretendió democratizar la vida política española, ensanchar las bases sociales del sistema político, dinamizar las Cortes, reformar la organización territorial en algunos puntos, iniciar un proceso de mayor intervención del Estado en materia socioeconómica, además de secularizar el Estado español.
Canalejas se centró en la cuestión religiosa. En 1910 se aprobó la Ley de Asociaciones Religiosas o “ley candado”, que limitaba la creación de nuevas órdenes religiosas con la intención de frenar la influencia de la Iglesia. Pero eso le valió una férrea oposición del clero y de los sectores políticos y sociales católicos, además de un fuerte conflicto diplomático con Roma. A pesar de la ley la secularización en España avanzó muy poco. En materia educativa también entró en colisión con la Iglesia.
En relación con la organización del Estado y para atender las demandas de la Lliga Regionalista, con el fin de conseguir, además que se incorporara más a la vida política estatal, se inició el proyecto de ley de las mancomunidades, con un afán descentralizador, a pesar de la férrea oposición de los diputados y políticos de tendencia centralista de los dos partidos dinásticos.
Canalejas promovió una importante reforma militar al hacer obligatorio el servicio militar y eliminar las redenciones en metálico, con una nueva legislación sobre el reclutamiento. Precisamente, en la guerra de Marruecos Canalejas se lanzó a desarrollar una estrategia de cierta firmeza en lo militar y en lo político. Ordenó la ocupación efectiva de Larache y otras plazas, y con Francia firmó un tratado en 1912 para poner en marcha el doble protectorado en Marruecos.
En materia económica y social Canalejas también fue muy activo. Abolió el impuesto de consumos y promovió leyes con contenido social: arbitraje del Estado en los conflictos laborales, reducción de jornada laboral, prohibición del trabajo nocturno, regulación del trabajo femenino, legislación sobre accidentes de trabajo, regulación sobre la huelga, etc…
Canalejas fue asesinado en la Puerta del Sol en noviembre de 1912. Con él, realmente, se terminó la última oportunidad seria de reformar profundamente el sistema político español. Los dos partidos dinásticos estaban profundamente divididos después de la caída de Maura y la muerte de Canalejas. El turnismo político, cuestionado desde fuera del sistema, entraba en una larga agonía. La estabilidad del sistema peligraba.
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