Cuando Napoleón vino a España a finales del año 1808 dictó desde Chamartín una serie de Decretos fundamentales porque abolían pilares básicos del Antiguo Régimen, dentro de un momento de radicalización de su política ante la resistencia que se había generado a la ocupación francesa, y que había impedido poner en marcha la Administración de José I. El emperador quería castigar a las fuerzas más reaccionarias al considerar que eran las responsables de dicha resistencia. Entre los Decretos de diciembre, por tanto, se suprimió el Santo Oficio por considerar que atentaba contra la soberanía y la autoridad civil.
En materia religiosa, las Cortes de Cádiz no se significaron por un desarrollo exhaustivo de los principios liberales, al contrario que en el resto de cuestiones. La Constitución de 1812 consagraba la confesionalidad del Estado español, y la prohibición de profesar otras confesiones, algo que llama la atención. En su artículo duodécimo se decía lo siguiente:
«La religión de la Nación española es y será perpetuamente la católica, apostólica, romana, única verdadera. La Nación la protege por leyes sabias y justas y prohíbe el ejercicio de cualquier otra».
Se han barajado algunas explicaciones a esta medida tan poco liberal. Quizás los diputados querían que la Iglesia se incorporase al cambio político, frente a su postura oficial contraria a los principios de la Revolución liberal, reafirmada cuando las Cortes comenzaron a tratar la cuestión de la desamortización. Los liberales optaron por no enconar más el enfrentamiento evidente con los diputados más conservadores, cediendo en esta materia. Por otro lado, no olvidemos el importante papel de los diputados eclesiásticos de avanzadas ideas políticas, pero miembros de la Iglesia, al fin y al cabo, en la redacción del texto constitucional.
Pues bien, en el inicio del Decreto aludido se reafirmaba el precepto constitucional sobre la protección legal de la religión católica. Pero la Inquisición no era una cuestión negociable para los liberales porque atacaba principios básicos consagrados en la Constitución, fundamentalmente, diversas acepciones de la libertad y de la igualdad. En el Decreto se alude explícitamente a que era incompatible con la Constitución. Las causas de fe quedarían en manos de los obispos y sus vicarios, mientras que los jueces seculares impondrían las penas, por lo que, en realidad seguía habiendo la posibilidad de que se abrieran procedimientos por herejía, aunque ambas justicias debían atenerse a lo que estipulaba la Constitución y las leyes. Estaríamos ante una evidente ambivalencia en materia religiosa por parte de los liberales de Cádiz. Se suprime el Santo Oficio, pero se mantienen las causas por herejía, aunque según los preceptos y garantías de un Estado liberal, y que se detallan en la propia disposición. Por fin, se mantendría la censura religiosa para escritos y libros que tratasen de esta materia y que vinieran de fuera. Además, las autoridades eclesiásticas tenían la potestad de conceder o no la licencia oportuna para publicar libros religiosos. Eso sí, también se estipulaba un procedimiento de apelación para los autores que se hubieran sentido agraviados. Los jueces eclesiásticos, por fin, estaban obligados a remitir la lista de libros prohibidos al Gobierno, que sería pasada al Consejo de Estado para que formulase un dictamen, al respecto. Visto el informe, el rey publicaría la lista definitiva de publicaciones prohibidas, aunque era necesaria la preceptiva aprobación de las Cortes. Otra vez, la ambivalencia citada ante la Iglesia y la religión católica. Se permite el mantenimiento de una especie de Índice de obras prohibidas, aunque con intervención del Estado, tanto del poder ejecutivo como del legislativo, con un procedimiento reglado que pretendía ser garantista.
Fernando VII restauraría el Santo Oficio en el verano de 1814 en el conocido como Sexenio Absolutista. La Inquisición sería abolida de nuevo en el Trienio Liberal, en marzo de 1820. La vuelta al absolutismo con la denominada Década Ominosa no supuso una nueva restauración del tribunal. Las circunstancias relativas a la represión ideológica requerían nuevos instrumentos, como era una policía más dotada por parte del poder civil, y por las denominadas Juntas de Fe o Tribunales de Fe. Estas Juntas no estaban muy claramente definidas legalmente y fueron toleradas por la autoridad civil. Surgieron en 1824 por iniciativa de algunas jerarquías eclesiásticas muy reaccionarias. Algunos canónigos y obispos que las promovieron habían estado en el exilio en tiempos del Trienio y desarrollaron una activa ideología religiosa y política muy reaccionaria. La Junta de Fe más activa fue la valenciana, que tuvo el triste honor de llevar a la ejecución al considerado último “hereje”, español, el maestro Cayetano Ripoll, en 1826, a pesar del malestar que generó en parte de Europa, por considerarlo un hecho de otro tiempo, impropio del siglo.
La abolición definitiva de la Inquisición se produjo por un Real Decreto de 15 de julio de 1834 por iniciativa del liberal moderado Martínez de la Rosa, que presidía el Consejo de Ministros en ese momento del inicio de la Regencia de la Reina Gobernadora.
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