El 22 de noviembre de 1559 se publicaba una Pragmática en Aranjuez, por la que el rey Felipe II prohibía a sus súbditos castellanos estudiar en las universidades extranjeras. Se exceptuaban de esta prohibición los estudios en las universidades de la Corona de Aragón, incluida la de Nápoles, la de Coimbra en Portugal, y las italianas de Roma y Bolonia.
El siguiente párrafo de la disposición refleja los motivos del monarca:
“Porque somos informados que, como quiera que en estos nuestros Reinos hay insignes Universidades y Estudios y Colegios donde se enseñan y aprenden y estudian todas artes y facultades y ciencias, en las cuales hay personas muy doctas y suficientes en todas ciencias que leen y enseñan las dichas facultades, todavía muchos de los nuestros súbditos y naturales, frailes, clérigos y legos, salen y van a estudiar y aprender a otras Universidades fuera de estos Reinos, de que ha resultado que en las Universidades y Estudios de ellas no hay el concurso y frecuencia de estudiantes que habría, y que las dichas Universidades van de cada día en gran disminución y quiebra; y otrosí, los dichos nuestros súbditos que salen fuera de estos Reinos, allende el trabajo, costas y peligros, con la comunicación de los extranjeros y otras Naciones, se distraen y divierten, y viven en otros inconvenientes; y que ansimesmo la cantidad de dineros que por esta causa se sacan y se expenden fuera de estos Reinos es grande, de que al bien público de este Reino se sigue daño y perjuicio notable”
Estaríamos, en primer lugar, ante una suerte de mercantilismo aplicado a los estudiantes, es decir, de política económica para impedir la salida de numerario del país, a pesar del escaso, cuando no nulo interés de los Austrias en plantear una verdadera y completa política mercantilista de protección y fomento de la producción artesanal propia, por lo que no nos parece que fuese el principal motivo de la promulgación de esta Pragmática.
Más importante nos parece el segundo motivo, y que tiene que ver con la siguiente frase “con la comunicación de los extranjeros y otras Naciones, se distraen y divierten (los estudiantes)”. Parece evidente que Felipe II arbitró esta política para evitar el supuesto y peligroso contagio con las ideas luteranas y calvinistas que pudieran aprenderse en centros universitarios de estados no católicos o, siéndolos, tuvieran en su seno profesores con otras ideas y que profesasen estas otras confesiones cristianas.
En 1568 esta prohibición se hizo extensiva a los estudiantes de la Corona de Aragón.
Estas limitaciones y prohibiciones, junto con otra medidas relativas a los libros, han sido interpretadas como un punto de inflexión entre una primera mitad del siglo XVI, más abierta a las influencias intelectuales externas, como se puede observar con la difusión del erasmismo, con una segunda parte, y a partir de entonces, durante el siguiente siglo, de mayor cerrazón intelectual, con sus consecuencias para la Historia y no sólo en el ámbito estrictamente cultural y científico, ya que tuvo derivaciones en la sociedad y la economía españolas de largo alcance, a pesar de los futuros esfuerzos de los ilustrados en el siglo XVIII para intentar mitigar políticas y mentalidades tan contrarias al saber y el progreso.
Por otro lado, bien es cierto esta medida no fue la principal o con más influencia en la Historia de la política educativa y cultural de los Austrias y la Iglesia española de la Edad Moderna, ya que era la más fácil de eludir, habida cuenta de las dificultades que el poder tenía en los siglos XVI y XVII para controlar realmente a sus súbditos, especialmente fuera de sus fronteras, además de creer que no se puso mucho empeño en estos controles. Al parecer, se ha constatado que seguía habiendo estudiantes castellanos y aragoneses en el extranjero. También hay que decir que este tipo de medidas no fueron exclusivas de la Monarquía Hispánica, y se dieron en otros Estados. Así pues, se ha discutido mucho sobre las motivaciones y resultados de esta Pragmática. En principio, no parecía muy positiva para el desarrollo cultural español, pero también es conveniente matizar, sin ahondar en la leyenda negra.