«Su obra ha supuesto una revolución en la forma de interpretar episodios decisivos para la comprensión de la historia de Occidente y la independencia de Hispanoamérica», continúa el fallo del jurado, que añade: «heredero y excelente continuador de la escuela de los Anales y del hispanismo francés, ha contribuido a deshacer muchos prejuicios sobre las instituciones y conflictos de la época, enriqueciendo el análisis de la historia europea».
Hijo de emigrantes almerienses, se doctoró en 1970 con una tesis sobre «La revolución de las Comunidades de Castilla (1520-1521)». Catedrático de civilización española e hispanoamericana de la Universidad de Burdeos III, ha sido presidente de la misma (1978-1983) ―actualmente es profesor emérito― y director de la Casa de Velázquez (1989-1996). Es miembro correspondiente de la Real Academia de la Historia, doctor honoris causa de la Universidad de Valladolid, Gran Cruz de Alfonso X el Sabio, Comendador de la Orden de Isabel la Católica, Oficial de la Legión de Honor francesa, premio Nebrija de la Universidad de Salamanca y Premio a la Difusión Internacional de la Historia de España, otorgado por la revista La Aventura de la Historia.
Entre sus libros destacan: Isabel y Fernando, Reyes Católicos de España, Historia de una tragedia. La expulsión de los judíos de España, Historia de España, Carlos V, La España de Felipe II, Los comuneros, Crónica de la Inquisición en España, Los judíos en España, Teresa de Ávila y la España de su tiempo, Isabel la Católica. ¿Un modelo de cristiandad?, La leyenda negra de España e Historia de la brujería en España.
En La Esfera de los Libros publicó con gran éxito el ensayo Entender la Historia de España (2011),fundamental para comprender el presente, según Joseph Pérez. Esta completa historia ―desde Atapuerca hasta el momento presente― aporta su inquisitiva y objetiva mirada de hispanista a las cuestiones fundamentales que deciden qué es una nación. Para él la pregunta fundamental es la siguiente: ¿puede hablarse de España antes de la invasión árabe del año 711? A partir de ella, el autor desarrolla sus argumentos en torno a los siglos de la reconquista y el nacimiento de las tres coronas ―Castilla, Aragón y Portugal―. Asimismo se plantea si durante el imperio de los Austrias se puede hablar de España como país o sólo como unión en torno a una dinastía hegemónica. ¿Quizá España no aparece hasta el siglo XVIII con los Borbones? ¿Qué supusieron para el país la guerra civil del siglo xx y la muerte de Franco? ¿Hacia dónde nos lleva la etapa actual? Estos interrogantes provocan agudas reflexiones en el hispanista, para el que ―como dijera Pierre Vilar― importa menos dar a conocer que dar a entender lo que ha pasado.
Por su parte en Los comuneros narraba la historia de cómo en 1520 un grupo de revolucionarios castellanos se levantan contra el poder real de Carlos V iniciando una revuelta que convulsionó la península y amenazó con destruir el ordenamiento político de los Reyes Católicos. Un movimiento de gran transcendencia para todo el período moderno de nuestra historia y cuyos protagonistas forman parte de la mitología colectiva del país. Joseph Pérez, máximo especialista en la materia, planteaba no sólo los hechos conocidos, sino que se adentraba en cuestiones e interrogantes no suficientemente aclarados: las verdaderas pretensiones; los auténticos artífices de la rebelión, el papel fundamental de mujeres como Juana, reina de Castilla, o María de Pacheco; el significado y las consecuencias de las batallas de Tordesillas o Villalar, o el ejemplar aplastamiento de la revuelta y el posterior perdón del Rey.
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