Al terminar la guerra y caer el sistema político imperial alemán, fue nombrado canciller el 9 de noviembre de 1918 por su firme posición ante los conflictos que se estaban dando en la Alemania de la posguerra, sucediendo en el cargo a Max de Baden. El día 10 de noviembre, es decir, al día siguiente de su nombramiento, llegó a un acuerdo con el general Groener. Con este apoyo y el de la clase dirigente alemana, sofocó la revolución espartaquista y contribuyó a la instauración de un nuevo sistema político, el de la República de Weimar. Pero esa colaboración tuvo un precio: la autonomía del ejército y de las antiguas estructuras administrativas imperiales, uno de los factores claves para entender la debilidad de la nueva democracia alemana.
El 11 de febrero de 1919 fue elegido presidente del nuevo Estado alemán. Obtuvo amplios poderes que empleó durante la inestable posguerra alemana, además de intentar defender una política de conciliación y acuerdo entre todos. Trató de conseguir un mejor trato para Alemania por parte de las potencias vencedoras en la guerra en la Conferencia de París, pero no lo consiguió. En 1920 tuvo que hacer frente al golpe de Estado de Kapp en Berlín y al levantamiento obrero en el Ruhr, que había surgido como respuesta al golpe.
En 1921 se le prorrogó el mandato dada la inestabilidad política alemana. Ebert comenzó a recibir continuos y duros ataques por parte de la extrema derecha, especialmente tras la ocupación francesa del Ruhr en 1923. En ese año hubo que atajar el golpe de Hitler en Múnich.
Fueron tan duros estos ataques políticos que llegó a tener que comparecer ante los tribunales en el año 1924 para responder de la acusación de traición durante la guerra por su participación en una huelga de municioneros. Aunque el denunciante fue acusado de mentir, la judicatura alemana, extremadamente conservadora, no le exculpó del cargo de traición. La salud de Ebert sufrió por este proceso y murió al poco tiempo, en 1925. El profundo desgaste le pasó factura. Su hijo sería alcalde de Berlín Este entre 1948 y 1967, destacándose en el seno de la clase dirigente de la RDA.
El SPD honra su memoria, como ejemplo de un político que luchó por encontrar el equilibrio entre las distintas opciones políticas en un momento histórico harto difícil, en la Fundación que lleva su nombre, y que es una de las más importantes de Alemania.
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